При установке второго контроллера домена на виртуальную машину Hyper-V возникла проблема. Время никак не хотело синхронизироваться ни основным контроллером, ни с внешними NTP серверами. После перезагрузки оно возвращалось на час назад, из-за чего возникали проблемы с репликацией, днс и т.д.
Все дело оказалось в одной галке, которую нужно снять в настройках виртуальной машины (скриншот ниже)
После такой простейшей операции все проблемы ушли.